因为隧道位于湖底，因而隧道防水关乎着全部隧道的工程质量及安全，本项目的防水设计标准遵照“防止为主、刚柔相济、多道布防、因时制宜、环境整治”的原则。在建立钢筋混凝土结构自防水为根本，采取措施系统结构混凝土缝隙的实施，提升混凝土的抗渗性能；以变形缝、沉降缝等接缝防潮为核心，加上外包防水层提升防潮。
构造防水设计方式
1结构自防水
隧道结构防水级别为二级，即：不可以渗水，构造表层会有少许湿渍，总湿渍面积不应大于总防潮面积的2/1000。隧道结构选用C35防潮混凝土，抗渗等级规定做到P8级别。为提升流花湖段主体结构防水混凝土的抗裂度，添加纤维类微纤维。
2接缝防潮
沉降缝的防水方案的选中依据施工工法和结构不同部位明确，关键位置施工实际防水方案见下表：
流花湖段顶板腋角沉降缝中埋式钢边止水带+可重复管棚管
底版、侧墙腋角沉降缝外贴式止水带+中埋式钢边止水带+可重复管棚管
竖向施工外贴式止水带+镀锌止水钢板+可重复管棚管
3变形缝防潮
隧道变形缝竖向间隔不超过150m，并在构造形式或地质条件变化较大部位及各类通道接口处设置。变形缝处除额外外防水层，另设定三道分别成环的防水对策。侧墙、底版变形缝两侧设定外贴式止水带。在变形缝的中部设有带管棚管的止水带（核心带气孔型），产生一道密闭的防水线；变形缝里侧设定1.2mm厚不锈钢接水槽，将少许渗漏有计划地引进地面排污沟并排水隧道废水泵房，缝里侧嵌填密封剂；两侧上下60mm总宽范畴即在防水层与板间应设塑料纸隔离层（或不撕下自粘卷材防护膜），并在变形缝上下500mm总宽范畴加设两面自粘卷材加强带。
防水设计标准
4额外外防水层
本项目主体工程外防潮通常采用高分子复合单层自粘卷材施工，顶板选用单组分聚氨酯防水涂料+高分子复合单层自粘卷材，防水层上端还采用70mm厚C20细石混凝土作防护层；侧墙选用吊带式高分子复合单层自粘卷材；底版选用高分子复合单层自粘卷材，采用50mm厚C20细石混凝土的保护。防水材料连接及其防水材料和防水涂料间连接选用高分子复合自粘卷材、外贴式止水带或与其材料相溶的其它材料进行收边解决。
5特殊防水节点
隧道结构的一些特殊位置是防水的关键，其中穿墙管可根据变形量大小，选用移动式防潮法及套管式防潮法，套管（或主管）均应设止水环；抗拔桩桩帽钢筋根处选用缓澎涨型止水条（胶）密封，桩帽在浇制结构底板前粉刷渗透结晶型防水材料，临时施工钢立柱穿结构底板处附近应焊接6mm厚（宽250mm）的镀锌板止水环。
